...... À son tour, l’escadrille E5 quitte Dakar le 19 mai 1939 ; les hydravions font escale à Port-Etienne puis, pour éviter la mésaventure de la E1, passent par Las Palmas, aux Canaries, d’où ils rallient Port-Lyautey le 23 mai. Ils s’y reposent trois jours et partent pour Arzew le 26 mai, et atteignent Saint-Raphaël le 27 mai. Du 14 avril au 12 juillet 1939, l’escadrille E3 de Berre est stationnée à Port-Lyautey avec quatre Bizerte, immatriculés E31, E32, E33 et E36. Ils y effectuent des entraînements à la tenue de contact anti-sous-marine, véritable répétition des missions de guerre à venir, et quelques déplacements à Arzew, Agadir et Gibraltar.

Les grands hydravions continuent d’utiliser le plan d’eau du Sebou pendant plusieurs mois consécutifs. Le 24 juin, le quadrimoteur Latécoère 611 Achernar arrive en provenance de Biscarrosse, et repart le 2 juillet vers Marignane pour révision et modifications. Au mois de juillet, l’escadrille E4 quitte Lanvéoc pour Port-Lyautey en vue de son affectation en AOF. Le Guilbaud et le Cuverville quittent Brest le 10 juillet et se posent sur le Sebou après 11 h de vol direct. Ils effectuent des vols de reconnaissance, de tir photo , et de bombardement jusqu’au 26 août, date de leur départ vers Port-Etienne puis Dakar où l’escadrille E4 est affectée.

Le Mouneyrès ne quitte Brest que le 12 juillet, fait escale à Arzew et rejoint ses deux frères le 13 juillet, pour des
exercices d’entraînement et des missions d’explorations ; il partira aussi pour Dakar via Port- Etienne, le 26 août.

Le 8 août, l’escadrille d’exploration E1 arrive à Port- Lyautey en provenance de Berre, placée sous le commandement du LV Mornu ; elle est équipée
d’hydravions d’exploration trimoteurs Breguet 521 Bizerte. L’escadrille B1, placée sous le commandement du LV Traub, quitte Berre pour Arzew et Port-Lyautey, qu’elle atteint le 5 septembre. Le LeO H257Bis est un hydravion, à flotteurs, biplan, bimoteur, multiplace (5) de bombardement et de torpillage. Une section de trois appareils, retenue à Berre par des ennuis mineurs, ne rallie le Maroc que le 13 septembre ; pendant toute la durée de la campagne, Port-Lyautey sera la base opérationnelle de la B1.

Dès son arrivée à Port-Lyautey, l’escadrille est affectée à la surveillance des côtes marocaines. Le 24 septembre, le LeO B1.7 est obligé d’amerrir au large de Tanger. Récupéré par le destroyer HMS Keppel, il est ensuite
remorqué jusqu’à Gibraltar d’où, réparé, il rejoint Port-
Lyautey quelques jours plus tard.

Le 15 octobre, le Latécoère 611 Achernar, repasse à Port-Lyautey en direction de Dakar afin de gagner l’escadrille 4E. Dans le courant du mois, des vols d’éclairage et de protection de convois maritimes viennent s’ajouter aux missions de l’escadrille E1. Le 24 octobre, le cargo anglais Ledbury est canonné par le sous-marin allemand U-37 au large de Casablanca ; deux heures plus tard, un autre cargo anglais, le Tafna est torpillé et coulé par le même U-37. Les LeO B1.4 et B1.1 arrivés sur les lieux, larguent leurs bombes sur des taches sombres, mais aucun résultat n’est enregistré.

Au début du mois de novembre, le LV Traub est remplacé par le LV Bedos à la tête de la B1. Jusqu’à l’armistice de juin 1940, l’escadrille va effectuer de nombreuses missions de surveillance, de protection de convois et de recherche de sous-marins. Le 15 novembre, le Breguet Bizerte E1.2 repère et attaque
un sous-marin en surface (probablement l’U-26 ou l’U-53) mais, sur les quatre bombes larguées, une seule éclate à quelques dizaines de mètres du kiosque.

En fin d’année, dans le but de renforcer la surveillance aérienne des côtes marocaines, l’EMGM décide d’affecter une nouvelle escadrille d’exploration à Port- Lyautey. Il s’agit de l’escadrille E5 basée à Berre, commandée par le CC Bellando et équipée de Breguet Bizerte. Quatre appareils arrivent de façon échelonnée entre le 30 novembre et le 6 décembre, quelques jours après leur arrivée, le CC Bellando est remplacé par le LV Videau.

Le 24 février 1940, le Breguet Bizerte n° 25, E5.5, est obligé d’amerrir au large de Mehdia ; pris en remorque par le torpilleur Simoun, il est ramené à Casablanca, mais au mouillage dans l’avant-port, il heurte la coque de son remorqueur et finit par couler.

Au 10 mai 1940, au début de l’offensive allemande, l’ordre de bataille modifié prévoit trois formations opérationnelles à Port-Lyautey, la E1, la E5, et la B1. Jusqu’à la signature de l’armistice, les Breguet des escadrilles E1 et E5 continuent leurs vols d’exploration et de surveillance des côtes du Maroc. Ces vols durent en moyenne 8 heures et aucun ne sera annulé ni écourté du fait d’incidents matériels pendant les dix mois d’opérations ; ce qui témoigne de la fiabilité et de la robustesse de l’appareil.

Avec la mise place de plusieurs escadrilles d’hydravions, et en prévision de l’arrivée d’avions terrestres sur la base, la création d’une section de servitude et de liaison est décidée. En mai 1940, trois CAMS 37.11 venant de Karouba et quatre Potez 25 provenant de Sidi-Ahmed, sont affectés à la BAN, auxquels s’ajoute un Caudron Phalène, réquisitionné localement ; l’existence de cette section est brève et ne dure que de mai à juillet 1940, son chef est le LV Guillaume.

A l'annonce de l'Armistice l’EMGM donne l’ordre de faire passer le maximum d’avions en AFN avant la fin des hostilités prévue le 25 à zéro heure (certains le feront au-delà de cette limite malgré l’interdiction de vol). Après l’armistice, les BAN restant en activité sont désormais soumises au contrôle des commissions d’armistice. En métropole, Berre, Saint Raphaël, Cuers et Hyères, et en AFN, Port-Lyautey, Tafaraoui, Arzew et Karouba.

À partir du mois de juin, de nombreux mouvements d’hydravions ont lieu. Le 18 juin, le Latécoère 302 E4-2 Cavelier de Cuverville de l’escadrille E4, commandé par le LV Rue, évacué de Cherbourg, arrive à Port-Lyautey. L’hydravion CAMS 141 Antarès quitte Brest le 18 à destination de Casablanca, mais au moment du décollage le moteur n° 2 doit être stoppé. Malgré ce handicap et tout en conservant son chargement de bombes, l’hydravion se pose dans le port de Casablanca après 10 heures de vol, il gagne ensuite Port-Lyautey le 22 juin après réparations.L’escadrille E6 quitte Lanvéoc-Poulmic et après avoir sabordé le Latécoère 523 Aldébaran, qui était indisponible, rejoint Port- Lyautey le 19, avec l’Altaïr et le Lieutenant de Vaisseau Paris.

Le 17 juin, l’ordre de bataille mentionne avec une légère anticipation, six unités opérationnelles comme étant stationnées à Port-Lyautey : les escadrilles de bombardement B1 et B3 et les escadrilles d’exploration E1, E5, E6 et E8. L’escadrille E6 reçoit le 5 juillet, le Laté 611 Achernar qui arrive en provenance de Marignane.

Le 24 juillet, le CAMS 141 Antarès quitte Port-Lyautey vers Dakar et est affecté à la 4E. L’escadrille E8, dont il était le seul appareil, est dissoute le 1er août. L’ Antarés continua son service, menant des patrouilles au-dessus de l'Atlantique central et du Sud. Le 2 juin 1943, l’Antarés coula l'U-105 allemand près de Dakar. Il fut retiré du service et réformé en 1944.

La E6 devient 6E le 1er août. L’Achernar séjourne jusqu’au 23 août avant de rallier Karouba. Les deux autres appareils de la 6E, l’Altaïr et le Lieutenant de vaisseau Paris, rallient à leur tour Karouba le 28 août, où l’escadrille sera dissoute le 15 octobre. L’escadrille E1 (Breguet Bizerte) devient la 1E le 1er août. Elle part vers Karouba le 25 août. L’escadrille E5 (Breguet Bizerte) devient la 5E le 1er août et est dissoute à Port-Lyautey le 30 août. L’escadrille B1 (LeO H257Bis) devient 16S le 1er août et est dissoute à Port-Lyautey le 30 août.